L’histoire se passe en 2017 dans la "Zone 11" anciennement connu sous le nom de Japon. En 2010 ce dernier fut attaqué par l’Empire Britannique avec l’aide d’unités appelées "Nightmare Frames", les habitants furent privés de leurs libertés, de leurs droits et de leur nom : Japon. Même si l’Empire règne avec une main de fer depuis ces 7 dernières années, certains désordres apparaissent dû au terrorisme...

Lelouch Lamperouge, jeune étudiant de l’école privée Ash Ford, située dans la zone 11, se retrouve malgré lui impliqué dans le vol d'une arme chimique par un groupes de terroristes. Cette arme s'avère être en fait une jeune fille : C.C.
Avant de mourir tuée par des soldats de Britannia, la mystérieuse C.C. va lui confier un pouvoir, le Geass.
La capacité de donner des ordres à quiconque. Un pouvoir qui force à l'obéissance absolue.

Afin de venger sa mère et de faire de ce monde un endroit où sa soeur Nanaly vivra heureuse, Lelouch va utiliser ce pouvoir pour prendre une revanche personnelle contre l'empire.