L'Organisation est un ordre mystérieux fondé il y a de nombreuses décennies dans le but d'éradiquer les yomas et de protéger les populations humaines. Son intervention coûte très cher car elle se sait indispensable à la survie des humains qui n'hésitent pas à verser des sommes conséquentes pour rester en sécurité. L'Organisation est composée de personnages plutôt étranges qui semblent, de par leur apparence plus ou moins humaine, avoir été sujets à de nombreuses expériences par le passé. Le quartier général de l'Organisation est basé à l'est du continent mais dispose d'une zone d'action étonnament large grâce à ses multiples expéditions sur les terres voisines.

Afin de pouvoir mettre en place un service d'extermination fiable, les dirigeants ont procédé à la création d'une espèce hybride mi-humaine mi-yoma capable de rivaliser avec la race dont elle est en partie issue ; ceci grâce à l'obtention de pouvoirs identiques. Pour cela ils récupèrent des orphelins qu'ils manipulent comme bon leur semble. Cette nouvelle espèce, qui ne comporte que des femmes à l'heure actuelle, fait office d'armée pour l'Organisation et se voit fortement régulée et hiérarchisée. Elle fonctionne par "classes" ou "générations" de 47 guerrières, gradées et dispersées sur le continent en fonction de leur puissance. Afin de conserver des claymores jeunes et aptes à l'obéissance aveugle, une classe est renouvelée tous les 7 ans environ.Baptisées "Claymores" à cause de leur imposante épée, ces créatures s'apparentent toutes à de magnifiques jeunes femmes qui ne viellissent jamais. Bien que dotées d'un aspect humain, elles sont aisemment reconnaissables grâce à leur chevelure blonde et leurs yeux argentés. Cette particularité leur vaut d'ailleurs le surnom de "sorcières aux yeux d'argent" par les humains. Etant devenues hybrides tôt dans leur enfance et ayant subit un entrainement très difficile depuis, les claymores ne connaissent pratiquemment aucun sentiment tel que la compassion ou l'amour. Les humains craignent les claymores qu'ils considèrent comme des monstres au même titre que les yomas et font appel à elles uniquement dans les cas les plus graves.

Contrairement à ce que l'on pourrait penser, ce ne sont pas les claymores qui récoltent le paiement versé par les humains à la fin de leur mission mais un de leurs supérieurs. Ces derniers visitent les villages concernés quelques temps après le passage de leur subordonnée. Ces représentants entièrement vêtus de noir sont à l'image du reste de l'Organisation, sombres et effrayants. A chaque claymore est assignée un de ces hommes. Leur rôle ne se limite pas seulement à récolter l'argent. Ils doivent aussi renouveler le matériel de leur combattante, assurer le transport des livrets noirs et par dessus tout veiller à ce que leur claymore n'enfreigne pas les règles de l'organisation.

En effet si les claymores sont relativement libres dans leur faits et gestes, elles n'en demeurent pas moins soumises à certaines règles strictes. La plus importante d'entre elles est sans aucun doute l'interdiction formelle d'abattre des humains, et ce quelles que soient les circonstances. Cela vaut donc également pour les hommes malfaisants. Le rôle des claymores étant de protéger les humains, l'Organisation viendrait à perdre toute crédibilité dans le cas d'un meurtre commis par ses propres soldats. Ainsi, toute infraction de cette loi sacrée est synonyme d'exécution, même pour les meilleures des claymores. De la même façon, déserter les rangs de l'Organisation revient à signer son arrêt de mort.